Yargılamayı yapan Anadolu 4. Ağır Ceza Mahkemesi, Anayasa Mahkemesi'nin "Hak ihlali" kararı üzerine yeniden yargılama yapılan Balyoz Ana Davası'nda 31 Mart 2015 tarihinde, "Yüklenen suçun sanık tarafından işlendiğinin sabit olmaması" nedeniyle sanıkların beraatine karar vermişti. Beraat kararının ardından gerekçeli kararın yazımı 36 günde tamamlandı.
Kararda, "Yargılamanın yenilenmesi aşamasında elde edilen deliller doğrultusunda gazeteci tarafından teslim edilen 11 ve 17 nolu CD lerin sahte olarak oluşturulduğu kesin olarak tespit edilmiş, mahkumiyet hükmüne esas alınan diğer tüm dijital delillerin de sahte olarak oluşturulduğu yönünde kuvvetli şüphe oluşmuştur" ifadeleri kullanıldı.
Açıklanan kararda "Delillerin değerlendirilmesi sonucu sanıkların yüklenen 'Türkiye Cumhuriyeti İcra Vekilleri Heyetini Cebren Iskat veya Vazife Görmekten Cebren Men Etmeye teşebbüs' suçunu işledikleri yönünde mahkumiyetlerine yetecek, şüpheden uzak, kesin ve inandırıcı delil bulunmadığı düşünülmüş, sanıklar hakkında verilen mahkumiyet hükümlerinin iptali ile yüklenen suçları işlediklerinin sabit olmaması nedeniyle beraatleri yönünde hüküm kurulması uygun görülmüştür" denildi.