Bir tarikatı ziyaret edip orada sürdürülen Kuran kursuna da uğrayarak YÖK başkanlığı görevine başlayan A. Y. Saraç, Allah için kendisini bu göreve getirenleri mahcup etmemiştir. A. Y. Saraç’ın göreve geldiği Kasım 2014’den bugüne kadar, bir YÖK başkanının şaşırtıcı icraatlarını aşağıdaki gibi özetlemek mümkündür. 

27 Mart 2015 tarih ve 6639 sayılı yasayla Sağlık Bilimleri Üniversitesi ve bu üniversitede bir mütevelli heyeti oluşturulmuştur. Bu mütevelli heyetinin başı Sağlık Bakanlığı müsteşarı olacaktır ve heyet üyelerinin çoğunluğunu sağlık bakanlığı belirleyecektir. A. Y. Saraç üniversite özerkliğini yok edecek bu yasaya karşı çıkmamıştır. Anayasa Mahkemesi, mütevelli heyeti yapısının Anayasa'nın 130. maddesiyle güvenceye alınan bilimsel özerklik ilkesiyle bağdaşmadığı için mütevelli heyeti oluşumuyla ilgili maddeyi 9 Aralık 2016’da iptal etmiştir. 

1 Nisan 2015 tarih ve 6641 sayılı bir yasa ile “Türkiye Uluslararası İslam, Bilim ve Teknoloji Üniversitesi” kurulmuştur. Bu üniversiteyle ilişkili olarak bir “Üniversite Danışma Kurulu” ve “Türkiye Uluslararası İslam, Bilim ve Teknoloji Üniversitesini Güçlendirme Vakfı” oluşturulmuştur. Danışma kurulunda siyasal kurumların temsilcileri çoğunlukta olacaktır. Yine siyasal kurum temsilcileri ile yandaş vakıfların temsilcilerinin çoğunlukta olduğu bu vakıf, özel okullar açabilecek ve bu okulların denetimini, bakanlık tek başına değil, vakıfla birlikte yapacaktır! A. Y. Saraç, bu üniversitenin adına da, danışma kurulu ile vakfın oluşumuna da, vakfa üniversite dahil eğitim kurumları açma yetkisi verilmesine de, itiraz etmemiştir. 

Bir camisi ve 10 kadar mescidi olan ODTÜ’de, 25 Aralık 2015 günü basketbol sahasının kenarında namaz kılmaya kalkışan öğrencilere, diğer öğrenciler “Neden mescitte namaz kılmıyorsunuz” diyerek tepki göstermiştir. Bu olay üzerine AKP Lideri, “ODTÜ'de namaz kılan gençlerin üstüne saldırıldı, YÖK gereğini yapmalı" demiştir. İstanbul Medeniyet Üniversitesi’nin  ‘Gençlik ve Tarih’  konulu etkinliğinde tesadüfen aynı gün konuşan A. Y. Saraç, “öğrencilerin sadece eğitim aldığı konularla ilgilenmelerini değil, düşünce ve ruh dünyalarına hitap edecek konuları da göz ardı etmemelerini istediklerini” belirtmiştirhttps://www.istanbul.edu.tr/tr/haber/yok-kultur-sanat-soylesilerinin-ik…, . Bunları söyleyen ve üniversitelerde sağcı grupların genelde polis himayesinde yarattıkları olaylar karşısında kılını kıpırdatmayan A.Y. Saraç, liderin emrine uymuş ve hemen ODTÜ’yü kınayıp YÖK üyelerinden bir komisyonu olayı incelemek üzere görevlendirmiştir.

2015 genel seçimleri sonrasında güneydoğuda yaşanan olaylar üzerine, 11 Ocak 2016 tarihinde, 1.128 akademisyenin imzaladığı bir  ‘Barış Bildirisi’ yayımlanmıştır. Birkaç yıl önce düşünce hürriyetinden söz edenAKP Genel Başkanı 2 Şubat 2009 günü Çetin Altan’a ödül verdiği törende, “… Eleştirel akıl olmadan, eleştiriye tahammül olmadan yol alamayız. Söz olmadan, yazı ve fikir olmadan uygarlık iddiamızı gerçekleştiremeyiz. Farklı düşünmek asla birbirimizi anlamaya, en azından anlama çabasına mani olmamalı. Demokrasinin temeli tahammül duygusudur. Bugün mutlulukla ifade ediyorum ki Türkiye ne Çetin Altan’ı 300 kez mahkeme kapılarına çağıran ve düşünceyi mahkûm eden bir Türkiye’dir, ne de Nâzım Hikmet'i 12 yıl boyunca hapishanelerde tutan Türkiye’dir” demiştir AKP Genel Başkanı, bu bildiriyi eleştirmekle yetinmemiş, “… Ey aydın müsveddeleri siz karanlıksınız, karanlık; … Bunlar içinde bulundukları ihanet çukurunda çırpınacakhttps://www.bbc.com/turkce/haberler/2016/01/160111_erdogan_akademisyen_…, erişim 15 Temmuz 2020.” gibi sözlerle imzacılara hakaretler etmiştir.  A.Y. Saraç da bu hakaretlerin ardından hemen imzacıları kınayıp soruşturma başlatacağını açıklamıştır. Kısa sürede 500’den fazla imzacı akademisyenin, yargı kararı olmadan meslekten atılmalarını sağlamış, bu arada imzacılar hakkında davalar açılmıştır. Davaları hızla bitirilenler teröre destek suçlamasıyla mahkum edilmeye başlanmıştır. Mahkum olan akademisyenlerin başvurusu üzerine Anayasa Mahkemesi (AYM), 30 Temmuz 2019 tarihli kararıyla, barış bildirisini, yasalarda yer alan ifade özgürlüğü kapsamında değerlendirip mahkumiyet kararının hak ihlali olduğunu belirtmiştir. AYM kararı üzerine barış bildirisini imzalayanlar hakkında açılan davalar düşmüştür. Ancak meslekten atılan akademisyenler görevlerine hâlâ döndürülmemiştir. Bu akademisyenlerin meslekten atılmasını sağlayan A. Y. Saraç, YÖK başkanlığından istifa etmeyi aklına bile getirmemiş ve meslekten atılanlardan özür bile dilememiştir. 

Dokuz Eylül Üniversitesi Buca Eğitim Fakültesi, 17 Haziran 2016 günü, Ege'ye özgü zeybek ve çeşitli dans koreografilerinin sahnelendiği mezuniyet töreni düzenlemiştir. Bu tören, öğrenciler ve veliler tarafından coşkuyla karşılansa da gerici basının saldırısına uğramış ve A. Y. Saraç, o günlerde vekaleten dekanlık görevini yürüten profesörü, anında görevden almıştır.

Milli eğitim bakanlığıyla ilişkili olarak bir Milli Eğitim Vakfı varken, 17 Haziran 2016 tarih ve 6721 sayılı yasayla Maarif Vakfı kurulmuştur. Bu vakıf, milli eğitime ve YÖK’e alternatif olarak yasanın ikinci maddesine göre “Okul öncesi eğitim, ilköğretim, ortaöğretim ve yükseköğretim kurumları” açabilecektir. Bu vakfın 13 kişiden oluşan mütevelli heyetinin 12 üyesini siyaset ve birini de YÖK belirleyecektir. A. Y. Saraç, bu vakfın kurulmasına da, mütevelli heyetinin yapısına da karşı çıkmamıştır.