Habertürk Yazarı Fatih Altaylı, "MİT'e komploda Gülerce parmağı" başlıklı bir yazı kaleme aldı. Yazısında, 2012 yılında Erdoğan-Gülen kavgasının açığa çıktığı MİT'e operasyonun Hüseyin Gülerce tarafından başlatıldığını iddia etti.
Gülerce'nin Zaman'daki köşesinde 28 Aralık 2011'de “MİT’e bir operasyon yapılmalıdır. Başbakanlık’a bağlı Milli İstihbarat Teşkilatı’nda bir soruşturma başlatılmalıdır” dediğini aktaran Altaylı, Gülerce'nin 2 gün sonraki yazısında da "MİT hakkında derhal bir soruşturma başlatılmalı" diyerek bu çağrısını yinelediğini yazdı.
Altaylı, Hüseyin Gülerce'nin yazılarından 38 gün sonra Fethullahçı savcıların MİT'e operasyonu başlattığını belirterek, "Bu operasyonda Gülerce’nin parmağı olduğu aşikârdı. Düğmeye onun parmağı basmıştı. İktidara yakın gazeteci Fikri Akyüz, o günlerde köşesinde Gülerce’nin bu yazısına dikkat çekti. Zaman zaman Ergenekon davalarına da eleştirel yaklaşımlar sergileyen Akyüz, iktidara yakın bir isim olarak bilinmesine rağmen o gün bugündür işsiz. Gülerce ise 'sözde' itirafçı ve makbul. Ve Gülerce’ye bazıları, 'Devletin adamı' diyor. Belli devletin adamı. Ama paralel olanın" ifadelerini kullandı.