Ergenekon soruşturması sırasında elde edilen delillere göre, "hükümeti devirmek" amacıyla Jandarma Genel Komutanlığı bünyesinde "Cumhuriyet Çalışma Grubu" adı altında yasadışı bir oluşum kurulduğu iddiasıyla başlatılan soruşturma, İstanbul'dan Ankara'ya gönderildi. Yürütülen soruşturmada, "hükümetin merkezi Ankara'da olduğu" gerekçesiyle yetkisizlik kararı verirlirken Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı da karşı yetkisizlik kararı verdi.
Kararda, iddianın Ergenekon davasıyla ilgili olduğu, bununla ilgili davanın İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından açıldığı ve İstanbul'da görüldüğü belirtilirken, dosyaya bakma yetkisinin de İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'na ait olduğu ifade edildi. Dosya, yetkili savcılığın belirlenmesi için son yetkisizlik kararını veren Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı'nın en yakınındaki ağır ceza mahkemesinin bulunduğu Sincan'a gönderildi.
Soruşturma Mehmet Baransu'nun Taraf gazetesindeki haberi üzerine başlamıştı. Haberde Jandarma Genel Komutanlığı'nda "Cumhuriyet Çalışma Grubu" oluşturulduğunu iddia edilmişti. 2002’den beri çalıştığını öne sürdüğü bu yapının, fişlemelerin yanı sıra siyasete müdahale için planlar yaptığını savunuluyordu.